回到乡下老家过暑假，正享受着悠闲的假期。 住在隔壁的麻由带着她从城里来的消息来到了这里。厌倦了农村生活的她对 Hajime 产生了浓厚的兴趣。从那天起，真由避开丈夫的视线，无论白天黑夜都来找 Hajime，并与他发生了婚外情......

　　哥斯拉突然从海底出现，于东海村登陆将市内的建筑物及发电厂完全破坏，虽然自队向哥斯拉展开猛烈攻击，但却完全阻止不了它前进。另一方面，危机管理情报局的官博士于茨城县的海沟发现直径200米的古代陨石，後来陨石内的有机物质与哥斯拉相遇并自我进化成巨大怪兽奥加，而哥斯拉就与奥加在西新宿展开一场生死战。