经过重重磨难，健四郎和尤莉亚终于迎来相聚的一刻，但是他们的时间所剩无几，在尤莉亚的请求下，健四郎开始讲述这些年来的故事：作为最强杀人拳——北斗之拳的唯一继承人，健四郎和爱人尤莉亚正准备展开新的生活。然而适值乱世，愚蠢的统治者亲手毁灭了原本的文明，活下来的人为了生存而选择暴力，杀戮成为当下的唯一准

　　《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的 「屠杀器官」到底是什么？