圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的少女津田艾玛（

　　孤单伫立于京都寺町三条商店街的古董店“藏”。                                    

　　正享受短暂假期的公安九课少校草薙素子（坂本真绫 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的报告，西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击，政府高官和商业巨擎被人杀害。在草薙的指挥下，九课的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力合作，将恐怖分子彻底制服，但草薙在行动中意外受到神秘病毒感染。在西之内恐怖袭击的同时，远郊

　　故事发生在琦玉老师头发还没有掉光的时候，这一天身穿蓝色运动服的他在追捕偷东西的箭毒蛙怪人，谁知期间不慎刮坏了自己的裤子。万般无奈，在打败箭毒蛙之后，他带着破损的衣服求助于相识的和服店老板。老板见他反反复复穿着同一套运动服，所以热心地向他推荐极具视觉冲击力的和服礼服套装。琦玉绞尽脑汁，总算推脱掉了